El edificio se organiza en dos plantas y dispone de una superficie total de 6.500 metros cuadrados, más del doble que la estación actual. En la planta baja se sitúan las áreas públicas, como el vestíbulo, las zonas de embarque y desembarque, los espacios comerciales y de check-in. También incluye zonas privadas destinadas a las fuerzas de seguridad y a distintos servicios.
La planta superior alberga las salas de embarque y preembarque, las áreas de desembarque y las pasarelas de acceso a los atraques.
Entre los aspectos más destacados del proyecto se encuentra en la utilización del sistema de cubierta multicapa autoportante. Este sistema elimina las correas y utiliza el perfil de soporte INCO 155.3, de 1,50 mm de espesor, capaz de cubrir luces de 6,35 m. Sobre este perfil se colocan un perfil separador, un aislamiento térmico y un perfil exterior de cerramiento, en este caso el INCO 30.5. Ambos perfiles cuentan con un acabado apto para ambientes tipo C4M, con pintura HDX-55 micras.
La finalización de las obras está prevista para 2025, y se espera que la nueva estación se convierta en un referente arquitectónico para Ceuta, reforzando la conexión entre la ciudad y la península.
